Из личного опыта, также был возврат.
Подавал заявление на разрешение в московский Дептранс, через аккаунт Госуслуги. Готовил и отправлял документы самостоятельно, получил отказ, как впоследствии узнал, не были заверены документы - СТС и ПАСПОРТ.
Особенно по паспорту удивился, но, их логика простая, податель собственноручно подтверждает, что копия является именно такой и заверенная обеспечивает юридическую значимость.
Мой пример относится к 2018 году и мск лицензии, возможно что то изменилось.
З.Ы. второе заявление подавал через помощников Яндекса, на тот момент бесплатно.